انمي Classroom☆Crisis (الفصل الدراسي☆ الأزمة)، في مستعمرة المريخ "طوكيو الرابعة"، يوجد فصل دراسي يتضمن أذكى العقول في شركة كيريشينا الرائدة في تطوير الفضاء: A-TEC، بقيادة المهندس العبقري كايتو سيرا، الذي يتطلع بشغف لوصول عضوهم الجديد. لكن سرعان ما يتضح أن الطالب المنقول ليس عاديًا، إذ يُرسل ناغيسا كيريو، رئيس A-TEC الجديد وأخ الرئيس التنفيذي للشركة، لإغلاق البرنامج. لإنقاذ الفصل الدراسي، يعمل كايتو وطلابه بشكل يائس لتطوير خلف للصاروخ الأقوى لديهم، X-2؛ بينما ناغيسا يتسلق السلم الوظيفي في سبيل مهمته الخاصة. رغم ذلك، تكشف المعارك المنفصلة أن هناك الكثير مما يجري في شركة كيريشينا أكثر مما يبدو.
تدور أحداث الفصل الدراسي☆ الأزمة حول كايتو وناجيسا، بالإضافة إلى شقيقة كايتو الصغرى ميزوكي وطيار الاختبار في A-TEC إيريس شيراساكي، في قصة مليئة بالمكائد والحرب السياسية، وعلى الرغم من كل الصعاب، قصة رومانسية. وبينما يتورط ناجيسا وA-TEC أكثر فأكثر في مؤامرات شركة كيريشينا، تنمو الصداقات ويتم الكشف عن الماضي بينما يكافحون لتجنب أزمة الفصل الدراسي.