انمي High School Fleet (أسطول المدرسة الثانوية)، بعد مرور مائة عام على التحولات الكارثية في الصفائح التكتونية التي تسببت في غمر معظم مساحتها، تزدهر اليابان الآن كدولة بحرية. تصطف المدن عالية الأداء على سواحل اليابان، ويتم الدفاع عن الطرق البحرية المتطورة بواسطة سفن بحرية متخصصة. الصناعة البحرية مزدهرة، والفتيات الصغيرات حريصات على الانضمام إلى حوريات البحر الزرقاء - النساء ذوات المهارات العالية اللاتي يكرسن حياتهن لحماية البحار.
بعد مرور بعض الوقت بعيدًا عن بعضهما البعض، يجتمع صديقا الطفولة أكينو ميساكي ومويكا تشاينا مجددًا في مدرسة يوكوسوكا البحرية الثانوية للبنات. هنا ينضم إليهم آخرون يشاركونهم حلمهم في أن يصبحوا حوريات البحر الزرقاء. قريبًا، تبدأ التدريبات، حيث يتم تكليف أكينو ومويكا بمسؤولية سفنهما وطاقمهما. كل شيء يسير بسلاسة بالنسبة لـ أكينو حيث تستقر في دورها كقبطان وتبني الصداقة الحميمة بين زملائها من أفراد الطاقم على متن السفينة المدمرة Harekaze. ومع ذلك، فإن الأعطال غير المتوقعة في المحرك والملاحة سرعان ما تركت سفينتهم عالقة وطاقمها في خطر.