انمي Kidou Senshi Gundam SEED Destiny، في عام 0071 من العصر الكوني، اندلعت مشاجرة بين بدلتين متحركتين أدت إلى تدمير دولة محايدة. يجد شين أسوكا عائلته بأكملها مقتولة نتيجة للعنف، ويقسم بحياته في ملاحقة انتقامية لقوى الطبيعة على الأرض، تحت الانطباع بأنهم كانوا المسؤولين عن وفاة عائلته. يشق شين طريقه عبر القوات العسكرية التابعة لـ زافت، ويحصل في النهاية على إمكانية الوصول إلى قمرة القيادة للبدلة المتنقلة النموذجية إمبالس.
يجد أثرون زالا، وهو من قدامى المحاربين في الحرب الأخيرة ويعمل في خدمة الدبلوماسي كاجالي يولا أثا، نفسه منجذبًا إلى صراع جديد بين الطبيعيين والمنسقين: البشر المعززون بشكل مصطنع قبل الولادة ويكرههم الطبيعيون بسبب مزاياهم البيولوجية.
مع ظهور الحرب الجديدة وتحول العنف إلى أمر لا مفر منه، يجد أثرون نفسه مرشدًا لـ شين المرير. يجب على أثرون توجيه الطيار الشاب نحو عقلية الرحمة قبل أن يلتهمه غضبه ورغبته في الانتقام.