انمي Kidou Senshi Gundam Unicorn RE:0096، بحلول عام 0096 من القرن العالمي، ينشأ سلام هش من بين رماد الصراع. يزور الطالب باناجر لينكس البالغ من العمر ستة عشر عامًا مستعمرة الفضاء الصناعية 7 في رحلة مدرسية، ولكن بسبب تعطل مكوك، تُرك تائهًا تمامًا.
بالنسبة لباناجر، الذي عاش دائمًا حياة طبيعية، كانت الحرب دائمًا جزءًا بعيدًا وأسطوريًا تقريبًا من التاريخ؛ ولكن في غضون دقائق، يتحول الخيال إلى حقيقة عندما ينقذ فتاة تدعى أودري بيرن، التي تحتاج بشكل عاجل إلى مقابلة زعيم مؤسسة فيست القريبة، كاردياس فيست. تأمل في إقناعه بمنع "صندوق لابلاس"، وهو جسم يحمل القدرة على تدمير العالم. يتم تشغيل التاريخ مع تقارب القوى المجرة في الصناعية 7، حيث يتنافس كل منها على امتلاك صندوق لابلاس. بينما تتصادم بقايا النيو زيون مع قوات اتحاد الأرض حول المستعمرة، يعطي كاردياس في لحظاته الأخيرة باناغر مفتاح الصندوق، وهو بدلة متنقلة يطلق عليها "جندام يونيكورن".
يتابع فيلم Mobile Suit Gundam Unicorn RE:0096 باناغر بينما يتم اختبار قناعاته ويتحقق أخيرًا المصير الذي ظل خامدًا لأكثر من قرن من الزمان.