انمي Kuromukuro (الجثة السوداء)، في فجر القرن الحادي والعشرين، تم إنشاء معهد أبحاث كوروبي التابع للأمم المتحدة في اليابان للتحقيق في قطعة أثرية قديمة، تم اكتشافها أثناء بناء سد كوروبي. اجتمع علماء من جميع أنحاء العالم في المنشأة لدراسة الجسم، بينما يستمتع أطفالهم بحياتهم اليومية في مدرسة ماونت تيت الدولية الثانوية العليا.
يوكينا شيراهان، فتاة محجوزة في المدرسة الثانوية، هي ابنة رئيس العلماء في المنشأة. أثناء زيارة والدتها في المنشأة، تمكنت Yukina من حل جزء من لغز القطعة الأثرية. لدهشتها، ما يظهر أمامها هو كينوسوكي توكيسادا أوما، شاب ساموراي من عصر سينجوكو.
مع اقتراب التهديد من الفضاء الخارجي، تجد يوكينا، جنبًا إلى جنب مع كينوسوكي، نفسها تدافع عن الأرض ضد القوات الغازية. على طول الطريق، تكتشف اللغز وراء كينوسوكي وسبب تصميمه على حمايتها.