انمي Macross F، بعد حرب مدمرة ضد جنس من العمالقة يُعرف باسم زينترادي، لجأت البشرية إلى مركز المجرة على متن أسطول من السفن الاستعمارية يُسمى ماكروس فرونتير. ومع تراجع التهديد الفضائي تدريجيًا، تستمر الحياة على متن ماكروس فرونتير بشكل طبيعي.
في عام 2059، يستعد متدرب طيار شاب يُدعى ألتو ساوتومي وزملاؤه لأداء روتين يرافق المغنية الشهيرة شيريل نوم، التي جاءت إلى ماكروس فرونتير لإحياء حفل موسيقي. أثناء الأداء، يظهر كائن غريب ميكانيكي حيوي يُعرف باسم فاجرا فجأة، ويخترق الحاجز الدفاعي للسفينة ويهبط بالقرب من مكان الحفل، مما يُغرق المدينة في حالة من الفوضى. أثناء إخلاء الحضور، تُترك فتاة صغيرة تُدعى رانكا لي خلفها وتصبح هدفًا لفاجرا، لكن ألتو ينقذها في اللحظة الأخيرة. بعد هذه الأحداث، يلفت أداء ألتو العسكري الاستراتيجي انتباه برنامج الخدمات العسكرية، مما يؤدي إلى تجنيده لمواجهة التهديد الغريب الجديد.