فيلم Evangelion Movie 3: Q، بعد أربعة عشر عامًا من الانفجار الثالث، أصبحت الأرض أرضًا مهجورة بعد نهاية العالم، حيث تُحطمت حضارة الإنسان، وأصبح الأشخاص الذين يعرفهم شينجي إيكاري غير قابلين للتعرف تقريبًا. محاصر داخل وحدة إيفانجيليون-01، يتم استرجاعه من الفضاء بواسطة أسوكا لانغلي شيكينامي وماري إلوستريس ماكينامي، فقط ليجد نفسه أسيرًا لـ "ويلي"، الفصيل العسكري الذي يقوده وصيه السابق ميساتو كاتسوراغي. بارد ومُرٌّ، ينظر له حلفاؤه السابقون بالشك ويمتنعون عن دعمه بينما يحاول التصالح مع عواقب أفعاله.
يتم إنقاذ شينجي المصاب والمرتبك من "ويلي" بواسطة ري أيانامي ويُعيد إلى مقر نيرف. هناك، يلتقي ويصادق بسرعة الغامض كاورو ناغيسا، الذي يقدم له الدفء والرؤية في وضع نيرف الحرب مع الملائكة. ولكن الهدوء السريع لشينجي وكاورو يأتي عشية معركة جديدة، إحدى الحروب التي يجد فيها شينجي أن أعداءه لم تعد الملائكة بل أصدقاؤه السابقين. في هذا المواجهة المريرة لتحديد مستقبل العالم، سيتعلم شينجي بشكل مباشر أن الماضي حقًا لا يمكن التراجع عنه.