انمي Shinseiki Evangelion، بعد خمسة عشر عامًا من الحدث الكارثي المعروف باسم الاصطدام الثاني، يواجه العالم تهديدًا جديدًا: كائنات سماوية وحشية تسمى الملائكة تغزو طوكيو-3 واحدًا تلو الآخر. البشرية غير قادرة على الدفاع عن نفسها ضد الملائكة على الرغم من استخدام ذخائرهم وتكتيكاتهم العسكرية الأكثر تقدمًا. الأمل الوحيد لخلاص الإنسان يقع في أيدي نيرف، وهي منظمة غامضة يقودها البارد جيندو إيكاري. تدير نيرف روبوتات بشرية عملاقة يطلق عليها اسم "إيفانجيليون" لمحاربة الملائكة بأحدث الأسلحة المتقدمة والحواجز الواقية المعروفة باسم حقول الإرهاب المطلق.
بعد سنوات من تخلي والده عنه، يعود شينجي إيكاري، ابن غيندو البالغ من العمر 14 عامًا، إلى طوكيو-3. يخضع شينجي لمعركة داخلية دائمة ضد الصدمة المدفونة بعمق الناجمة عن فقدان والدته والإهمال العاطفي الذي عانى منه على يد والده. خوفًا من الانفتاح على شخص آخر، تغيرت حياة شينجي إلى الأبد عندما التقى ميساتو كاتسوراجي البالغة من العمر 29 عامًا، وهي ضابطة رفيعة المستوى في نيرف أظهرت له لطفًا أموميًا مفعمًا بالحيوية لم يختبره من قبل.
أجبر هجوم الملاك المدمر شينجي على التحرك بينما كشف غيندو عن دافعه الحقيقي لدعوة ابنه للعودة إلى طوكيو-3: شينجي هو الطفل الوحيد القادر على قيادة وحدة إيفانجيليون-01 بكفاءة، وهو روبوت جديد يتزامن مع قياساته الحيوية. على الرغم من الصدمة النفسية الوحشية الناجمة عن قيادة إيفانجيليون، يدافع شينجي عن طوكيو-3 ضد التهديد الملائكي، غافلًا عن مكائد والده المظلمة.