فيلم Neon Genesis Evangelion: The End of Evangelion (نيون جينسيس إيفانجيليون: نهاية إيفانجيليون)، تُرك شينجي إيكاري في غيبوبة عاطفية بعد وفاة صديق عزيز. ومع عجز ابنه عقليًا عن قيادة الروبوت الشبيه بالإنسان إيفانجيليون يونت-01، يتسابق فريق نيرف التابع لجيندو إيكاري ضد منظمة الظل سيلي لمعرفة من يمكنه تنفيذ خطتهم النهائية أولاً. ترغب سيلي في إنشاء كائن يشبه الإله من خلال دمج أرواحهم في وحدة إيفانجيليون، بينما يرغب جيندو في إعادة البشرية كلها إلى كائن بدائي واحد حتى يتمكن من لم شمله مع يوي، زوجته المتوفاة.
تطلق سيلي العنان لقواتها العسكرية في غزو مميت لمقر نيرف. بينما تقطع قوات سيلي العلماء وأفراد الأمن في نيرف، تقود أسوكا لانجلي سوريوو وحدة إيفانجيليون-02 في موقف أخير يائس ضد أثقل أسلحة سيلي.
تستمر المعركة، ويختبئ شينجي المكتئب عميقًا في مقر نيرف. مع مصير العالم بين يدي شينجي، تطارد الكابتن ميساتو كاتسوراغي الصبي المراهق بينما ينهار المجتمع من حولهم.